Hello,
Concernant la nuit à passer sur
Nikko/
Kamakura/
Hakone, je conseillerai
Hakone. Bien sur c'est uniquement basé sur mon expérience, nous avons fait
Nikko et
Kamakura sur la journée, et nous ne sommes même pas rentrés tard.
De plus sur
Hakone, le "
Hakone Free Pass" qui permet de prendre tous les transports du coin sans limite est valable sur 2 jours, donc vu que c'est 3900Y, autant en profiter. Aussi, si tu veux tester un ryokan avec Onsen, ça peut être l'occasion car il y en a beaucoup.
Pour les transports, un site super :
www.hyperdia.com/en/
Tu pourras tester tous les trajets que tu veux !
Quant aux excursions que tu souhaites faire depuis
Kyoto, si tu cherches un hôtel proche de la gare je conseille vivement le "
Kyoto Hana Hostel", très bon marché, des chambres style japonais (tatami, futon), vraiment sympathique, et très proche de la gare:
kyoto.hanahostel.com/