Bonjour Emma.
Vous avez plus d'un an pour résoudre votre énigme... cela devrait être faisable!

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Faites seulement attention car les dates que vous avez indiquées tombent en plein dans la golden week qui commencera le 25 avril et se terminera le 6 mai. Même si la période de pointe sera entre le 2 et le 6 mai, cela risque de compliquer un peu les transports et réservations.
Le choix que vous ferez sera surtout fonction de ce que vous cherchez à découvrir dans la ou les villes que vous visiterez, chaque voyageur étant différent..
Si c'est la ville de
Tokyo, vous trouverez largement de quoi y passer 7 ou 8 journées.
Si vous décidez de voir
Kyoto qui est dans un tout autre registre, il faudra y consacrer 4 jours contre 5 à
Tokyo.
Si vous voulez passer une nuit dans un ryokan pour profiter des bienfaits d'un onsen, la ville de
Hakone est toute désignée car c'est sa "spécialité"... mais ce n'est pas la seule solution, vous en avez évoqué plusieurs autres. Le seul inconvénient, c'est que cela multiplie des lieux de séjour, donc fait perdre du temps de visite.
Dur de choisir une escapade de deux jours (une nuit ?)...
Parmi celles que vous avez citées, j'ai visité Takaosan en une seule journée au départ de
Tokyo. Je n'ai pas vu de site de bains (mais je n'en cherchais pas ce jour là).
On peut rester plusieurs jours à
Nikko, je conseille 2 au minimum compte tenu des visites à réaliser. Il y a de nombreux onsens dans la montagne, mais parfois assez loin de
Nikko. C'est à étudier.
Il y a des onsens à Kawaguchiko près du Fujisan. Pour visiter la région des 5 lacs, personnellement, j'avais loué une voiture pour 2 jours.
J'aime bien
Kamakura, il y a quelques grands temples intéressants à visiter et de belles balades à faire pour les relier à pieds dans les collines. Pour ce qui est de passer la nuit dans un endroit intéressant,
Enoshima est une belle destination, surtout pour l'hôtel
Enoshima spaland qui possède un onsen avec vue sur le Fujisan au dessus de la mer.
Finalement, à votre place, c'est peut-être ce que je choisirais. Commencer par 4 jours à
Tokyo, puis 1 jour à
Kamakura, nuit à
Enoshima, 2 eme jour partagé entre la visite de l'île et le retour sur
Tokyo en faisant une halte à
Yokohama pour visiter le quartier chinois et celui de Minato Mirai sur le port... Ensuite, fin du séjour à
Tokyo.
Si vous revenez au même hôtel à
Tokyo, ils se feront un plaisir de vous garder les bagages et vous pourrez voyager léger à
Kamakura...
Mais ce n'est que mon avis.
Bonne réflexion!